具体操作方法如下：
1、 测定前的准备:包括开机预热、按差值标定方式标定IRGA、将测定用的仪器设备连接成一个开放系统。取叶片，测定叶面积后将其放入叶室，调节控制叶室至叶片的光合作用适温度。
2、 叶片照光及测定操作:
1. 改变光源和叶片之间的距离，使到达叶片表面的光强为200μmol·m·s左右。待IRGA表头上的指针稳定在一个位置后读取经过叶片前后空气CO2浓度变化的差值，按开放式系统Pn的计算公式计算光合速率。
2. 在光源和叶片之间放置一至数层白纱布，使到达叶片表面的强度每次减少50μmol·m·s，并在每一光强度下停留2~3min后读取空气CO2浓度变化的差值，计算光合速率，直到光强为零，光合速率为负值时止。
3、 绘制叶片光合作用对光的响应曲线:将测定的每组数据以光强为横轴，光合速率为纵轴，将每一光强下光合速率值画到坐标纸上的相应位置。再将大于0的光合速率值各坐标点用直线连接起来，该直线的斜率便是叶片的表观光合量子效率值。该直线与横轴的交点为光补偿点，与纵轴的交点则为暗呼吸速率(图2-10)。
由于实验过程中一些难免误差，所测各点未必都在一条直线上，因此画线时会带有一些人为因素，造成表观光合量子效率值或高或低的误差。为了避免这一误差，好是用计算器或计算机对这些光强-光合速率资料作直线回归，得到如下一直线回归方程:
Pn=-R+Φ(PFD)
这里，Pn为光合速率，R为暗呼吸速率，Φ为表观光合量子效率，PFD为到达叶片的光量子通量密度，简称光强。
操作时的注意事项
1. 为减小实验误差，用于直线回归的资料点应多一些，以7~8个为宜。在作直线回归时，不要使用那些光合速率为负值的资料点。由于Kok效应的影响，那些点往往明显偏离直线，使得到的Φ值偏高或偏低。
2. 本节介绍的是针对用和离体叶片进行的测定而言的。目前先进的CIRAS-3光合作用测定系统具有控制温度、光强度等功能，可以方便地进行该指标的测定。
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