高压泵工作正常的情况下，系统压力和流量稳定，噪音很小，色谱峰形正常。与之相反，在离子色谱仪的高压泵工作不正常的情况时，系统压力波动较大，产生噪音，基线的噪音加大，流量不稳并导致色谱峰形变差(出现乱峰)。产生以上情况原因有以下几种：
1、离子色谱仪的淋洗液的脱气与泵内气泡的排除
离子色谱仪初次使用或更换淋洗液时，管路中的气泡容易进入泵内，造成系统压力和流量的不稳定，对于一些容易产生气体的溶液如加入甲醇淋洗液，可先用真空脱气的办法除去溶液中大部分气体，再于系统中用惰性气体(氦气或高纯氮气)在线脱气的方法处理。已进入离子色谱仪的泵内的气泡可以通过启动阀排除。具体方法是：先停泵，用一个10ml注射器在启动阀处向泵内注射去离子水或淋洗液，可反复几次直到气泡排除为止，然后再将泵启动。
2、离子色谱仪系统压力波动大，流量不稳定
系统中进入了空气，或者单向阀的宝石球与阀座之间有固体异物，使得两者不能闭合密封，需卸下单向阀浸入盛有乙醇的烧杯用超声波清洗。分析泵上的压力传感器有故障时也会造成压力波动，应检查传感器旋钮上的O型密封圈是否有磨损。
3、漏液
离子色谱仪的泵密封圈变形后，在高压下会产生泄漏。泵漏液时，系统压力不稳定，仪器无法工作，为延长密封圈的使用寿命，在使用了浓度较高的碱以后，要用去离子水清洗泵头部分，以防产生沉淀物。
4、系统压力升高
在离子色谱仪系统的压力超过正常压力的30%以上时，可以认为该系统压力不正常。压力升高与以下几种情况有关：
(1)离子色谱仪保护柱的滤片因有物质沉积而使压力逐渐升高。更换滤片。
(2)离子色谱仪的某段管子堵塞造成系统压力突然升高。逐段检查，更换。
(3)室温较低时如低于10℃时，系统压力会升高。设法使室温保持在15℃以上。
(4)当有机溶剂与水混合时，由于溶液的粘度，密度变化压力亦会升高。
(5)流速设定过高使压力升高，应按照色谱柱的要求设定分析泵的流速。
5、系统压力降低或无压力
离子色谱仪系统有泄漏时，压力会降低。仔细检查各种接头是否拧紧。此外，当系统流路中有大量气泡存在，进入泵内形成空穴，启动泵后系统无压力显示，亦无溶液流出，为避免上述问题，流动相的容器要加压(≤0.03MPa);在仪器初次使用或更换淋洗液时要注意排除输液管路内的空气。
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