HPLC有五大系统构成，其中，泵是HPLC的动力系统。液体，只有通过泵的转动而使之流动。因此掌握泵的使用要点对于正确使用HPLC有着至关重要的意义。
1、操作泵之前，用至少两个体积（标准脱气机30mL，对微脱气机10mL）冲洗真空脱气机，特别是当泵关闭了一段时间后(例如：过夜)，以及在通道中使用挥发性混合溶剂时，防止溶剂瓶内的玻璃滤头(过滤器)堵塞及长菌，当滤头表面有黑色或黄色污染层说明发生了堵塞，应立即清洗或更换。
2、将装有溶剂瓶的溶剂箱放在泵上面或较高处。当在四元泵上使用盐溶液或有机溶剂时，建议将盐溶液接在下面的梯度阀口上，将有机溶剂接在上面的梯度阀口上，有机溶剂通道建议在水或盐溶液通道的正上面。建议用水定期冲洗所有MCGV通道除去可能在阀口析出的盐结晶。
3、定期检查排液阀的过滤白头。检查方法：拧开排液阀，以水作流动相。
对于标准脱气机(G1322A)，流速5ml/min水，若压力大于10bar，则建议更换。
对于微量脱气机(G1379A)，流速2ml/min水，若压力大于5bar，则建议更换。
4、当使用低流速时，检查所有1/16英寸接头有无渗漏（用压力测试或漏液测试。每当更换泵密封垫时排液阀虑芯也应更换。
5、更换活塞密封垫时检查活塞杆上是否有划痕。有划痕的活塞将导致轻度渗漏，并降低密封垫的使用寿命。应尽早更换有划痕的活塞。
6、使用缓冲溶液时，关泵前先用水冲洗系统。当需要长时间使 用0.1摩尔或更高浓度的缓冲液时，建议选用密封垫清洗附件，以减少对密封垫及活塞杆的磨损。
7、如果使用了高浓度的缓冲盐，可以考虑用热水（50-60℃）来冲洗盐通道来确保没有缓冲盐残留在系统中。
8、更换活塞密封垫后应按照密封垫安装步骤对其进行磨合，但磨合不适用于正相密封垫。
9、当泵头安装有柱塞清洗附件时，由于该附件中也有密封垫，这样就会增加活塞杆运动时的阻力。所以开泵前一定要用10％异丙醇，并将其流速调至约2－3滴/分钟使溶液流过冲洗装置。(对于二元泵SL，如果不使用盐溶液可以不开)10％异丙醇有助于降低水的表面张力，并有抑菌作用。不要用其它溶剂代替。
10、当泵头安装有冲洗附件而不开启10％异丙醇，会使密封垫及活塞杆的寿命减短(二元泵SL除外)，泵头如果发出“吱吱”声不影响使用和泵的精度如果有必要，可以改变压缩因子（compressibility）来达到更好的效果。
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