填料的粒度主要影响填充柱的两个参数，即柱效和背压。
粒度越小， 填充柱 的柱效越高；小于3um的填料应用，在相同选择性条件下，提高柱效可提高分离度。如果固定相选择是真确，但是分离度不够，那么选择更小粒度的填料是很用有的，3um填料填充柱的柱数比相同条件下的5UM填料的柱效提高近30%；然而；3um的色相谱的背压却是5um的2倍。与此同时，柱效提高意味着在相同条件下可以选择更短的色谱柱，以缩短分析时间。
另外，可以采用低粘度的溶剂做流动相或增加色谱柱的使用温度，比如用乙腈代替甲醇，以降低色谱柱的压力。
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