做好仪器的保养与维护，关系到仪器的完好率、使用率和实验分析的成功率。一旦仪器吸附灰尘、污垢、色谱柱老化，不仅影响仪器的本身性能，缩短使用寿命，直接影响分析检测准确性。所以气相色谱仪清扫工作很重要！
灰尘附着在气相色谱仪进样口上会造成样品差异，六通阀等运动部件上有灰尘会增大磨损或定量不准确，电器上有灰尘，严重者会造成短路、漏电，严重者会使仪器报废。
清除灰尘的方法很多，主要应依灰尘附着表面的状况及其灰尘附着的程度而定。在温湿度适宜的气相色谱仪实验室中，若灰尘较少或灰尘尚未受潮结成块斑，可用干布拭擦，毛巾掸刷，软毛刷刷等方法，清除一般仪器上的灰尘；对仪器内部的灰尘可用皮唧、洗耳球式打气TONG吹气除尘，也可用迷你吸尘器吸尘；对色谱仪角、缝中的灰尘可将上述几种方法结合起来除尘。
注意：对于气相色谱仪检测器来说，在日常中应把防尘帽长期置于检测器上防尘。而仪器上的后开门电机应在安全断电的情况下进行。
在气相色谱仪使用中不可避免的会沾上待测化学品、胶液、汗渍等污垢，在贮藏保管不慎时会产生锈蚀、霉斑，这些污垢对仪器的寿命、性能会产生极其不良的影响。特别是对于一些未知化学品、腐蚀性样品、挥发性样品、反应性样品等色谱仪分析，更应该严格按照操作分析规程进行，防止样品对仪器的污染和腐蚀损坏，其清洗的目的就在于除去仪器上的污垢。
实验室普通分析仪器的清洗有两类方法:
(一)机械清洗方法：用铲、刮、刷等方法清洗；
(二)化学清洗方法：用各种化学去污溶剂清洗。具体清洗方法要依污垢附着表面的状况以及污垢的性质决定；
清洁干净的仪器，实验室分析人员会产生一种视觉美感，工作氛围更好。
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