一、PCR实验室平面布局
PCR实验室布局图
PCR实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配置和扩增区、扩增产物分析区，为了避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区，各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
二、实验室空调通风系统设计及压力控制
实验室空调通风系统
PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，适合用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证实验区的压力要求。
二、1 实际贮存和准备区
PCR实验室主要进行的操作为贮存试剂的制备、试剂的分装盒主反应混合液的制备。试剂和用于样品制作的材料应直接运送到这个区，不得经过其他区域。试剂原料必须贮存在本区内，并再本区内制备成所需的贮存试剂。该区对与气流压力的控制没有严格的要求。
二、2 标本制备区
该区域主要进行的操作为样本的保存、核酸（RNA、DNA）提取、贮存及其加入值扩增反应管和测定DNA的合成。压力梯度要求为：相对领巾区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染，另外由于在加样操作中可能会发生气溶胶所致的污染，所以应避免在本区内不必要的走动。
二、3 扩增反应混合物配制和扩增区
该区域主要进行的操作为DNA扩增，此外，已制备的DNA模板（来自样本制备区）的加入和主反应混合液（来自试剂贮存和制备区）制备成反应混合液等也可以在本区内进行。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶胶从本区漏出。为避免气溶胶所致的污染，应尽量减少在本区内的布必要走动，个别操作如加样等应在超净台内进行。
二、4 扩增产物分析区
该区域主要进行的操作为扩增片段的测定，本区是zui主要的扩增产物污染来源，因此对本区的压力梯度要求为相对邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其他区域。
三、污染的预防与控制
PCR实验室设计的核心问题是如何避免污染，在试剂工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需要重新进行实验，所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应该是预防，而不是排除。
三、1 工作区域的严格划分
1、各个实验区域设置合理；
2、各个实验区域要有明显的标记（如醒目的门牌或不同颜色的地面等等），以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。
三、2 合理的系统设置
1、合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排的空调系统；
2、严格的气流压力控制，保证不同的实验区内不同的压力要求。
三、3 规范的操作
1、扩增检验实验室的技术人员必须进行上岗培训，经培训合格后才能从事临床基因扩增检验的工作；
2、在实验操作过程中，操作者必须戴手套，并经常更换。此外，操作中使用一次性帽子也是一个有效防止污染的措施；
3、清洁工作及时、正确。实验工作结束后，必须立即对本区进行清洁。除了常规的消毒液体对表面进行擦拭消毒或紫外灯的消毒外，对一些实验设备还应进行高压消毒处理。
三、4 严格的管理
1、严格控制进出实验室的人员，与实验无关的人员不得随意进出实验室，有条件的情况下要设置独立的通道和进出整个实验区的门；
2、尽量减少在实验区内不必要的走动以及减少交叉污染的可能；
3、扩增产物分析区是zui主要的扩增产物污染来源，废液不能再实验室中倾倒，必须经消毒液浸泡消毒后在远离实验室的地方弃掉，用过的吸头等一次性材料也应该经过消毒液浸泡后统一处理，如焚烧等；
4、扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验室人员的安全防护；
三、5 完善的实验室配套设备
完备的实验室设施是保证实验工作的必要条件，应根据各个实验室实验内容的不同配备相应的设备和仪器，如超净工作台，离心机。加样器等等。
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