1、纯水系统成本： 及时更换低成本的预处理柱是降低使用成本的有效方法。对于超纯水系统而言，可以通过定期的校验系统内置的电阻率监测器，保证电阻率的读数正确，并根据电阻率监测器的数据和超纯化柱的使用时间（通常不超过2年）来决定是否更换超纯化柱。
2、纯水系统水源： 纯水系统（反渗透系统或蒸馏水系统）应使用普通城市自来水作为供水。因为自来水在供水过程中存在二次污染或者自来水水源受到严重污染，可以导致用户管道的供水水质极度下降，为有效的避免这些污染对纯水系统的关键元件造成不可修复的损坏，需要根据用户的管道供水水质选择适当的预过滤保护装置。装置的主要净化功能包括：降低余氯含量，降低污泥指数，降低水硬度（令LSI为负值）
此装置也可以有效地降低用户的纯水系统使用成本。用户需要及时更换预过滤保护装置的过滤元件，确保装置的有效性。
3、纯水系统取水：
纯水系统取水时，应注意防止被二次污染。特别是超纯水系统地产水极易被污染，所以，取用超纯水时，要做到即取即用，防止储存。
4、纯水系统电源：
反渗透纯水系统要安装在电源稳定的场所。若电源不稳定，有可能对系统功能造成不好影响，严重时会烧毁系统主板。
5、纯水系统场地：
超纯水系统要安装在尽量洁净的实验室，以保证其超纯水产水不被二次污染。纯水系统的安装场地要适当接近上、下水管道，并且要保持安装点的干燥、通风，没有阳光直接照射的环境。
纯水系统的维护：
纯水系统在平常使用时，要尽量持续使用，以保持电源和水源的正常供应。但是，由于特殊原因纯水系统不得不长时间停止使用时，可以参考以下方法：
1、用户应按照厂家工程师和纯水系统本身的提示定期更换纯化柱，并注意系统的报警提示随时和厂家工程师取得。
2、若由于实验室装修或长时间放假，使纯水、超纯水系统一定要停用时，停用期在1星期至10天内，且电源及水源不受影响，就可以让系统保持运作状态，就可继续取得安全可靠的纯化水质。如果是进行水管工程，则系统勿必要完全停止。此时要关闭纯水系统的供水开关及电源，并拆卸与供应水之间的连接。而水箱中的纯水，因为长期静置将造成水质的劣化，要完全排掉。
3、停用期结束后，若再度使用系统时要注意，尤其是水管工程修复后，因为新供给水中会混有许多的污染物质，因此，应先将供水来源的水龙头打开，充分大量排水后使水质稳定，再打开与系统相连结的进水开关，来启动系统。此一程序可以防止大量的污染物质流入系统之中。
4、若采取前述对策后系统仍不能正常的运作，有可能停用期间各种纯化柱与滤膜受到阻塞所引起。所以应将有问题的部位更换部件即可。
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