高效液相色谱用溶剂分为流动相用溶剂和空白溶剂。选择的溶剂一般应具有低粘度、高纯度、化学稳定性好对样品有合适的极性和良好的选择性、与检测器兼容性强、低毒等特征。
流动相溶剂的选择没有一定的模式，更多的来源于经验的积累，但溶剂的极性和理化性质可以作为重要的选择依据。流动相所用溶剂一般为二元或多元溶剂，以便于灵活调节流动相的极性和增加选择性，以改进分离和调整出峰时间。选择溶解样品的空白溶剂时一般要综合考虑到样品的极性和溶解度、溶剂的洗脱强度和组成、进样量等因素进而选择合适的溶剂，为了选择的简便性的同时避免溶剂效应的产生，一般选择同流动相所选溶剂一致或相似。
低粘度
粘度过高会影响溶质的扩散增大柱压、降低柱效，延长分离时间，不利于色谱峰的分离。但粘度过于低的溶剂也不宜采用，例戊烷、yi醚等，它们易在色谱柱或检测器内形成气泡，影响泵的工作，不利于色谱柱的分离效果。同时色谱峰的塔板数与流动相溶剂的粘度成反比，粘度越大理论塔板数越低。而粘度与沸点密切相关，通常选用沸点高于柱温20～50℃但低于100℃，粘度不大于5×10-4Pa.S的溶剂作为高效液相色谱用溶剂。
高纯度
由于高效液相灵敏度高，对溶剂的纯度也要求高。不纯的溶剂会引起基线不稳，或产生“伪峰”。痕量杂质的存在，即可使截止波长值大幅增加。同时色谱柱的寿命与溶剂纯度也有关，当含有大量杂质的溶剂流过色谱柱，杂质富集在色谱上极易造成色谱柱的堵塞。液相所用溶剂应尽量达到HPLC级，理论上完全由HPLC级溶剂组成的流动相不需要过滤，但考虑到溶剂中溶解有气体，在洗脱过程中当流动相由色谱柱流至检测器时，因压力降低产生气泡，若富集于检测池中会增大基线噪音，严重时会造成分析灵敏度下降。溶剂中溶解的氧气也会导致某些组分或色谱柱的固定相发生降解而改变柱的分离性能。同时溶剂在存储分装过程中会引入部分杂质，建议即使是HPLC级的溶剂亦需要进行过滤处理。
具有良好的化学稳定性，对样品有合适的极性和良好的选择性
溶剂不能与样品发生反应或聚合，一般的选择原则为相似相容原则即极性大的试样用极性强的洗脱剂，极性弱的试样用极性弱的洗脱剂。所选溶剂亦不得改变色谱柱填料的任何性质。如低交联度的离子交换树脂和排阻色谱填料遇到部分有机溶剂会溶胀或收缩，改变色谱柱的性质。正相色谱分配中流动相的极性小于固定相的极性以利于极性化合物的分离；反向分配色谱中流动相的极性大于固定相的极性以利于非极性化合物的分离。对样品的溶解度要适宜，如果溶解度欠佳，样品可能会在柱头析出富集，不但会影响色谱峰的分离，也会损坏色谱柱，堵塞仪器管路。在一般的色谱分析中我们用到的溶剂多为二元溶剂或多元溶剂，溶剂的极性是通过混合溶剂的比例进行调节的，改变溶剂的极性，增加溶剂的选择性，进而改善分离和出峰时间。当样品用非流动相溶解时，如果样品的洗脱强度比流动相弱，可适当加大进样体积，一般对峰宽和分离度无不良影响。但有时为了完成样品的溶解性，会用强洗脱能力的溶剂溶解样品，样品溶剂可看为流动相的一部分，溶解在其中的样品在其带动下在色谱柱快速迁移，而部分样品同时会溶解在流动相中，产生溶剂效应，使峰变宽分叉，部分析出的样品会堵塞色谱柱和仪器管路，造成分析方法准确度下降。在选用强洗脱能力的溶剂溶解样品时要适当降低进样量，以避免溶剂效应的产生。我们选择样品溶剂的一般原则为实验要求的流动相，如流动相中含有大量的盐，一般会选择有机相比例小于等于去除缓冲盐的起始流动相体系。
与检测器匹配
对于紫外检测器，需要考虑溶剂在紫外波段的吸收，所用的溶剂的截止波长应小于检测波长，保证在所选择的检测波长下，溶剂无吸收或者吸收较小。对于示差检测器，需要考虑溶剂的折射率，要求选择与组分折光率有较大差别的溶剂作流动相，以达最高灵敏度。
附常用溶剂性质
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