使用超纯水机时有一定的规则，用户需要按照这些规则进行操作。首先，使用设备时不要立刻进入工作状态，需要先预热，等待十分钟后，再进行操作。
一、运行
当设备运行到一段时间之后，会出现设备发热的情况，这种情况属于正常的，但当设备运行一段时间后，需要让设备暂时休息一会。
再次，使用超纯水机的工作时间每天维持在八小时，十小时也是可以的，不过运行时间每天8小时为佳。然后，在使用一段时间后，用户要对设备进行清洗，使受到污染的设备恢复原有的性能。而在恢复设备性能的同时，还要尽量保证清洗的安全，不伤害到超纯水机。
二、定期清洗
对于超纯水机的日常运行中，超纯水机需要定期反洗，反洗时进行压缩空气气体摩擦，反洗合格后静置10分钟左右再正洗。正洗出水合格后方可投入使用，不要将空气带入反渗透，此外，还要定期检查、及时更换精密过滤器滤，防止滤芯因安装或质量问题发生泄露所引起的反渗透膜的颗粒污染。
一般情况下是每月检查一次，2～3个月更换一次滤芯。运行时还应经常检查精密过滤器内是否有气体，不能让空气带入反渗透膜。对备用或长期停运的精密过滤器，要采取保护的方法防止细菌大量繁殖。
三、长期停用超纯水机时
设备长期停机，用户在离岗情况下采用的方案步骤：第一，将超纯水机里的水排空;第二，采用厂商指导药剂配方浸泡反渗透膜(有在线清洗系统的设备可在线将保护液注入反渗透膜中，无此功能的纯水设备需要将反渗透膜拆下，在适当容器中浸泡);第三，设备间要保持透风的状态。
另外，当与初始投用状态相比，标准化的反渗透装置产水量下降10%，或在特定条件下产水含盐量明显上升，或压差增加了15%时，应对反渗透膜进行及时清洗。
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