高效液相色谱仪分析中，选择流动相时应考虑流动相与填料的作用、纯度、与检测器的匹配、粘度、对样品的溶解度和样品回收等方面。
一、流动相与填料的作用：
流动相应不改变填料的任何性质。
低交联度的离子交换树脂和排阻色谱填料有时遇到某些有机相会溶胀或收缩，从而改变色谱柱填床的性质。
碱性流动相不能用于硅胶柱系统。
酸性流动相不能用于氧化铝和氧化镁等吸附剂的柱系统。
二、纯度：
色谱柱的寿命与大量流动相通过有关，特别是当溶剂所含杂质在柱上积累时。
三、与检测器的匹配：
当使用UVD时，所用流动相在检测波长下应没有吸收或吸收很小。
当使用RID时，应选择折光系数与样品差别较大的溶剂作流动相，以提高灵敏度。
四、粘度：
高粘度溶剂会影响溶质的扩散和传质，使柱效降低，还会使柱压增加，分离时间延长。尽量选择沸点在100℃以下的流动相。
五、对样品的溶解度：
如果溶解度欠佳，样品会在色谱柱内沉淀，不但影响纯化分离，而且会使色谱柱恶化。
六、样品回收：
应选用挥发性溶剂。
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