氢气发生器主要由电解池、开关电源、液路压力自控、净化、流量显示等系统组成。氢气的纯净度、流量和压力对色谱仪的正常运行影响很大，因此氢气发生器的故障应及时排除。
氢气发生器启动前应加氢氧化钾电解液(称取KOH100g溶解于1L的高纯水中)，充分搅拌溶解等电解液完全冷却后再倒入储液桶中使用，然后加入高纯水不要超过上限水位线，也不要低于下限水位线，拧上外盖。液位管中的白色东西是液位管接口处的润滑剂，不影响使用，待整体换液后就好。
氢气发生器产氢达不到预定的压力，仪器显示量超出实际使用量较大：
1.故障原因：气路系统漏气、过滤器或过滤器上盖没有拧紧、氢气电解池反漏；
2.检查方法：用检漏液检测各气路连接处；
3.排除方法：更换漏气元件、拧紧漏气点、更换电解池。
氢气发生器产氢超过预定的压力：
1.故障原因：自动跟踪装置挡光板错位或脱落、光电耦合损坏；
2.检查方法：目测、用万用表测量电路；
3.排除方法：前面板上的压力达到0.3兆帕时关闭电源，把挡光板安装在合理的位置上，打开电源开关轻轻敲紧挡光板即可、更换损坏的光电耦合元件。
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