色谱柱是化学实验中最常见、常用的化工仪器之一，正确而有效的使用方法，不仅能够延长色谱柱的使用寿命，也能确保试验的准确性。
1、“保护柱”的使用
保护柱是很短的色谱柱，填装和液相色谱柱相同的填料。正确使用”保护柱”，可以起到阻拦一些容易损坏液相色谱柱的物质的作用。从而达到延长柱子寿命的效果。相反，如果使用”保护柱”不当，可能会缩短色谱柱的使用寿命。例如，在保护柱使用过程中，如果污染达到一定程度而没有及时更换，累积的杂物很可能会冲入色谱柱中，反而会造成色谱柱损坏。因此，在使用”保护柱”时，最重要的是要知道什幺时候该换保护柱。该换的时候就必须要立即更换。
2、选择高品质的柱子
一般认为同一厂牌、同一型号的柱子之间的品质都相同，对品质管理很严格的厂家而言，这说法是成立的。但如果厂家品质管理不够严格，即使是同一批号的新柱子之间的品质也有差异。所以，选用柱子时必须选择管理严格的高品质柱子，我们知道，任何柱子使用过后都会产生变化。尤其如在强酸或强碱条件下使用，柱子更易产生变化。因此，应尽量选用pH适用范围大的柱子。在开发新分析方法时，许多专家建议不要使用旧柱子。因柱子一经使用。柱性会改变；如此一来，使用旧柱子开发出来的新分析方法，很可能在再使用同厂牌的新柱子分析时。发生无法达到预定效果的情况。总的说。开发新分析方法时要使用品质好的新柱子；并且一支柱子最好使用在一种分析方法上；则柱子寿命可以延长。
3、定期冲洗色谱柱
一般柱子使用一段时间后总会有一些杂质累积在柱内，而且这些杂质不会随着流动相出来，会逐渐影响柱子的品质。这些杂质在后来的分析谱图上出现。从而造成出现怪峰、基线不平等现象。简单的解决方法是用较强的流动相冲洗。而且每次分析某一产品完成后冲洗。如果分析时使用缓冲剂﹐最好用水来取代缓冲剂。先使用有机和水的混合溶液为流动相冲洗缓冲剂。接着再用100%有机溶剂冲洗。如果直接用100%有机溶剂冲洗的话，缓冲剂很可能会沉淀出来，而损坏柱子的品质。使用10-20倍柱体积的量来冲洗基本就足够了。最好将100%有机溶剂冲洗的条件加在分析实验程序完毕后，如此一来每天在开机前都会用100%机溶剂冲洗。一般硅胶柱可以反冲洗处理﹐即是在将冲洗前将柱子倒反接后再冲洗。打算使用反冲洗处理前，最好先参考柱子的保养说明书。所以要真正保护柱子，使柱子的寿命延长，最好是使用”保护柱”和定期冲洗柱子。
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