色谱柱用久后常出现柱压升高，柱效降低，峰形畸变，保留时间改变等变化，如不采取适当措施，色谱柱将无法再使用，缩短色谱柱的使用寿命。在高效液相色谱仪的使用中，保持高效液相色谱柱的柱效、容量和渗透特性，延长柱子的使用寿命非常重要。
1、流动相对色谱柱的损害因素
颗粒杂质:目前广泛使用的柱填料直径多在10um以下，微小的颗粒杂质很容易使柱子发生堵塞，因此使用的溶剂应当过滤，柱子上端接头应当装微孔过滤片以阻挡颗粒物进入柱中。
水溶液中的微生物:以水溶液为流动相时，应防止细菌的生长，五氯酚、叠氮化钠、辛酸等能防止细菌生长。当用水溶液或有机酸缓冲液保护柱子时，一些厌氧霉菌可能在色谱柱中滋生，堵塞固定相颗粒间的空隙。
pH值:对硅胶基键合相填料，水溶液pH值不可超过2-7.5这一范围，当pH>8时，硅胶会释出
生成絮状物堵塞柱子，且难以复原，柱效很快降低，甚至完全失效。
盐类析出:当在流动相缓冲液中加入和水混溶的有机溶剂时，其中的盐类溶解度下降，可析出盐类沉淀，堵塞柱子;加入粘度不同的样品溶液也可能发生类似现象。所以缓冲液中盐的浓度宜低，样品提取液的组成应和流动相匹配。
2、样品对色谱柱的损害因素
杂质堵塞:样品中的微粒同样会使柱子堵塞，样品也应进行过滤处理。
样品组分的不可逆吸附:通常被吸附的组分有蛋白质、醣等，可以采取加装保护柱，或使用适应的溶剂反冲来处理。常用溶剂有四氢呋喃(适用于溶解有机高聚物和工业样品中的焦油)、高浓度的脲或盐酸胍溶液(使蛋白质改性而洗脱)、高离子强度的磷酸盐缓冲液(pH=7，适合反相柱和离子交换柱，可除去蛋白质和醣等)。
样品组分与固定相反应:这种反应对NH2柱的影响较严重，NH2易和酐、酮形成希夫(Schiff)缩合而减少活性点，使保留时间缩短，因此羰基化合物样品和流动相(如丙酮、乙酸乙酯等)不宜使用NH2柱。
活性点被覆盖:由于固定相吸附样品中的组成或杂质而使活性点被覆盖，在柱压升高的同时保留时间减少，将样品过滤或使用萃取分离柱(对大分子有机物如蛋白质、白细胞等)效果较好。
3、色谱柱固定相的化学变化
色谱柱固定相分解、活性基团变性以及键合相基团脱落会使保留时间显著变化。
1、键合相基团脱落
绝大多数键合相都是通过硅氧硅键(Si-O-Si)连接在硅基质上，形成带有机基团的固定相Si-O-Si-R(R为、G18H37、C8H17、CnH2n+1)。硅氧硅键可在水溶液中水解而断裂，使键合相基团脱落，对C2和NH2柱键合相基团脱落不可忽视。为减少或防止基团脱落，可增加流动相的有机溶剂量，降低离子强度和pH值，对基团已脱落的固定相，可用合适的硅烷试剂再生。
2、固定相分解或活性基团变性
例如氰基柱的保留时间显著缩短，但键合相中C、H、N的百分含量并无大变化，证明未发生—CN水解成-COOH反应，而是形成了衍生物。在硅上增加烷基可减少水解。
4、高效液相色谱柱的保养
色谱柱在使用一段时间后，常遇到柱子受污染，柱效下降的问题，采用适当的方法对色谱加以保护和再生，能够延长色谱柱的使用寿命。
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