PCR专用超净工作台的优点是操作方便自如，比较舒适，工作效率高，预备时间短，开机10分钟以上即可操作，基本上可随时使用。在工厂化生产中，接种工作量很大，需要经常长久地工作时，PCR专用超净工作台是很理想的设备。
其工作原理同垂直层流超净工作台一样：室内空气经由H14过滤器被吹入柜内,避免任何室内的DNAs 或Rnases污染DNA和RNA 样品, 排出空气直接流向操作者, 避免操作者将污染物带入柜内。 计时器控制的U.V.灯利用紫外线来净化柜内,避免前后两个PCR*实验交叉污染。
BSC 2级生物安全柜并不适用于PCR操作, 因为BSC用来保护样品和操作人员。 但对于PCR*实验，首要考虑的问题是保护样品不受操作人员污染。而使用BSC可能会使DNA样品被操作人员携带的DNAs或Rnases污染。
PCR专用超净工作台由三相电机作鼓风动力，功率145～260W左右，将空气通过由特制的微孔泡沫塑料片层叠合组成的“超级滤清器”后吹送出来，形成连续不断的无尘无菌的超净空气层流，即所谓“高效的特殊空气”，它除去了大于0.3μm的尘埃、真菌和细菌孢子等等。超净空气的流速为24～30m/min，这已足够防止附近空气可能袭扰而引起的污染，这样的流速也不会妨碍采用酒精灯或本生灯对器械等的灼烧消毒。
工作人员就在这样的无菌条件下操作，保持无菌材料在转移接种过程中不受污染。但是万一操作中途遇到停电，暴露在未过滤空气中的材料便难以幸免污染。这时应迅速结束工作，并在瓶上作出记号，内中的材料如处于增殖阶段，则以后不再用作增殖而转入生根培养。如为一般性生产材料，因极其丰富也可弃去。如处于生根过程，则可留待以后种植用。
PCR专用超净工作台电源多采用三相四线制，其中有一零线，连通机器外壳，应接牢在地线上，另外三线都是相线，工作电压是380V。三线接入电路中有一定的顺序，如线头接错了，风机会反转，这时声音正常或稍不正常，PCR专用超净工作台正面无风(可用酒精灯火焰观察动静，不宜久试)，应及时切断电源，只要将其中任何两相的线头交换一下位置再接上，就可解决。三相线如只接入两相，或三相中有一相接触不良，则机器声音很不正常，应立即切断电源仔细检修，否则会烧毁电机。这些常识应在开始使用PCR专用超净工作台时就向工作人员讲解清楚，免除不应造成的事故与损失。
PCR专用超净工作台进风口在背面或正面的下方，金属网罩内有一普通泡沫塑料片或无纺布，用以阻拦大颗粒尘埃，应常检查、拆洗，如发现泡沫塑料老化，要及时更换。除进风口以外，如有漏气孔隙，应当堵严，如贴胶布，塞棉花，贴胶水纸等。工作台正面的金属网罩内是超级滤清器，超级滤清器也可更换，如因使用年久，尘粒堵塞，风速减小，不能保证无菌操作时，则可换上新的。
PCR专用超净工作台使用寿命的长短与空气的洁净程度有关。在温带地区工作台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由于大气中含有高量的花粉，或多粉尘的地区，工作台则宜放在较好的有双道门的室内使用。任何情况下不应将PCR专用超净工作台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。
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