人的指纹往往会有磨损，从而影响识别，甚至会出现一定比例的人群，由于其指纹的纹路较浅而无法使用生物指纹识别功能。此外，由于目前的生物指纹识别技术并不需要活体支持，因此存在被盗用的可能性，不法分子可以通过复制手指的纹理从而骗过生物指纹识别验证机制，而更为忍的是，一些不法分子甚至可能直接将受害者的手指砍除以完成指纹认证。
相对生物指纹识别，虹膜识别除却在纹理上更为复杂从而让安全性与准确率大大提升外，更重要的一点是，它的验证机制需要活体支持，这就使得不法分子通过复制虹膜纹理以通过验证的可能性几乎为零，此外，即使不法分子将受害者的眼睛摘除亦是无法通过验证的。
那么生物指纹识别相对虹膜识别就真的一无是处了吗?当然不是，生物指纹识别之所以能成为当下手机行业中zui为主流的生物识别应用，不外乎这三个原因。首先，其安全性具备一定的保证，相对传统的密码输入方式，其安全性与便利性不言而喻;其次，它的实现方式在技术上而言是较为简单的，也就是说门槛低，便于大规模地生产制造;zui后，当然是其价格较为适合了，这保证了它的加持不至于大幅度提升手机的售价了。
尽管虹膜识别在安全性及稳定性等方面的表现要比生物指纹识别强大得多，何以至今依然未在手机上普及开来呢?笔者以为，主要还是在于技术实现的难度以及价格，当然这两者是相辅相成的。
正是因为虹膜纹理更为复杂的原因，这也使得虹膜识别技术在实现的过程中需要摘取更多的有效单位读取点(如前文所言，虹膜识别一般需要摘取266个单位的读取点，而其他的生物识别一般是13至16个)，这其实是一把刃剑，它在提升识别准确率的同时，对算法的复杂性以及执行效率提出了更高的要求，也就是说前期在软件研发上需要投入更多的成本。此外在硬件上，它还需要摄像头的配合以实现对虹膜影像的采集及提取。
事实上，正是这些在软硬件上庞大的资源投入，使得其价格在相对生物指纹识别上的优势荡然无存，应该说虹膜识别技术的实现已非难事，难的是在手机这么小巧的机身上加载，并将其控制在合理的价格区间，这才是目前业界急需解决的难题。
当然，任何一种技术皆有其局限性，虹膜识别亦不例外。首先，虹膜识别的实现对光线有一定的讲究，用户若佩戴眼镜或者美瞳的话，虹膜的识别与提取会有难度;其次，对虹膜的识别与提取在距离上亦有要求，太远或者太近皆有影响。
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