液相色谱柱在使用前，最好进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。但要留意： 液相色谱柱柱性能可能由于所使用的样品、活动相、柱温等条件的差异而有所不同；另外，在做柱性能测试时是按照色谱柱出厂报告中的条件进行（出厂测试所使用的条件是最佳条件），只有这样，测得的结果才有可比性。
1、样品的前处理：
a、最好使用活动相溶解样品。
b、使用予处理柱除往样品中的强极性或与柱填料产生不可逆吸附的杂质。
c、使用0.45μm的过滤膜过滤除往微粒杂质。
2、活动相的配制：
液相色谱是样品组分在柱填料与活动相之间质量交换而达到分离的目的，因此要求活动相具备以下的特点：
a、活动相对样品具有一定的溶解能力，保证样品组分不会沉淀在柱中（或长时间保存在柱中）。
b、活动相具有一定惰性，与样品不产生化学反应（特殊情况除外）。
c、活动相的黏度要尽量小，以便在使用较长的分析柱时能得到好的分离效果；同时降低柱压降，延长液体泵的使用寿命（可运用进步温度的方法降低活动相的黏度）。
d、活动相的物化性质要与使用的检测器相适应。如使用UV检测器，最好使用对紫外吸收较低的溶剂配制。
e、活动相沸点不要太低，否则轻易产生气泡，导致实验无法进行。
f、在活动相配制好后，一定要进行脱气。除往溶解在活动相中的微量气体既有利于检测，还可以防止活动相中的微量氧与样品发生作用。
3、活动相流速的选择：
因柱效是柱中活动相线性流速的函数，使用不同的流速可得到不同的柱效。对于一根特定的色谱柱，要追求最佳柱效，最好使用最佳流速。对内径为4.6mm的色谱柱，流速一般选择1ml／min，对于内径为4.0mm柱，流速0.8ml／min为佳。
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