在日常的业务咨询中，我们常被用户问到以上问题。事实上，上述两个名称所代表的仪器无论在研究目的、测量方法、使用方法和使用对象上有很大的区别。
就研究目的而言，当人们选择荧光仪时多是以研究光合作用的机理问题如，电子传递的过程和效率，光合反应中心II（PSII）和反应中心I（PSI）的功能，环境变化（干旱，盐碱，金属污染）对电子传递的影响等为目的。而叶绿素仪则主要用于判断植物生长过程中的营养状况（特别是氮素水平），为作物施肥提供生产上的参考。概括讲，叶绿素荧光仪用于理论研究，而叶绿素仪用于应用研究。
在测量方法上，荧光仪是利用叶绿素特有的荧光现象，采用极高灵敏度和反应速度的传感器，辅以光电脉冲设计来捕获电子传递过程中的各时段上的荧光数据。荧光测量是一个过程测量。而叶绿素仪是利用叶绿素对红光的特殊吸收特性，利用光电传感器对红光吸收量多少的测定。叶绿素仪的测量是在某一时，某一点上的瞬时测量。
从使用方法上讲，荧光仪的使用需要对叶片进行较长时间的暗处理，而叶绿素仪则需要化时间去做不同样品的订正曲线。
从以上的阐述可以看出，荧光仪多应用于科研单位，大专院校的研究工作。而叶绿素仪多用于农业推广站，农技站（所）的生产技术指导上。
最后要特别指出的是，目前市面上的叶绿素仪所得的数据是叶绿素的相对含量而不是绝对含量。若要检测样品中叶绿素的绝对含量必须采用化学比色法。
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