1、粗调部分故障的排除
粗调的主要故障是自动下滑或升降时松紧不一。所谓自动下滑是指镜筒、镜臂或载物台静止在某一位置时，不经调节，在它本身重量的作用下，自动地慢慢落下来的现象。其原因是镜筒、镜臂、载物台本身的重力大于静摩擦力引起的。解决的办法是增大静摩擦力，使之大于镜筒或镜臂本身的重力。
对于斜筒及大部分双目显微镜的粗调机构来说，当镜臂自动下滑时，可用两手分别握往粗调手轮内侧的止滑轮，双手均按顺时针方向用力拧紧，即可制止下滑。如不凑效，则应找专业人员进行修理。
镜筒自动下滑，往往给人以错觉，误认为是齿轮与齿条配合的太松引起的。于是就在齿条下加垫片。这样，镜筒的下滑虽然能暂时止住，但却使齿轮和齿条处于不正常的咬合状态。运动的结果，使得齿轮和齿条都变形。尤其是垫得不平时，齿条的变形更厉害，结果是一部分咬得紧，一部分咬得松。因此，这种方法不宜采用。
此外，由于粗调机构长久失修，润滑油干枯，升降时会产生不舒服的感觉，甚至可以听到机件的摩擦声。这时，可将机械装置拆下清洗，上油脂后重新装配。
2、微调部分故障的排除
微调部分最常见的故障是卡死与失效。微调部分安装在仪器内部，其机械零件细小、紧凑，是显微镜中最精细复杂的部分。微调部分的故障应由专业技术人员进行修理。没有足够的把握，不要随便乱拆。
3、物镜转换器故障的排除
物镜转换器的主要故障是定位装置失灵。一般是定位弹簧片损坏（变形、断裂、失去弹性、弹簧片的固定螺钉松动等）所致,更换新弹簧片时，暂不要把固定螺钉旋紧，应先作光轴校正。等合轴以后，再旋紧螺丝。若是内定位式的转换器，则应旋下转动盘中央的大头螺钉，取下转动盘，才能更换定位弹簧片，校正的方法与前面相同。
4、聚光器升降机构故障的排除
这部分的主要故障也是自动下滑。排除方法如下：
4.1直筒显微镜聚光器的升降机构调整时,一只手用双眼螺母扳手插入手轮端面上的双眼螺母内，另一只手用螺丝刀插入另一端的大头螺钉槽口内，用力旋紧即可制止下滑。
4.2斜筒显微镜聚光器的升降机构调整时，首先用螺丝刀把双眼螺母中间的驻螺退出1～2圈，轴承垫圈是与驻螺压紧配合的，因此，也会跟着它一起退出，并脱离齿杆的端面。然后，用双眼螺母扳手把双眼螺母向调节座旋进。同时，用另一只手转动手轮，进行试验，直到升降机构松紧合适，又能停留在任意位置上时，才停止双眼螺母的旋进。最后，再把驻螺旋入，使轴承垫圈接触齿杆就行了。
这样调整之所以能够排除故障，是因为调节座的内孔是锥形的。锥形轴套在轴向有槽口，当双眼螺母向里旋进时，将锥形套向里顶，使锥形套在前进时，槽口变小，内孔收缩，将齿杆夹得更紧，加大了齿轮转动的摩擦阻力，从而制止自动下降。
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