色谱柱是决定色谱分离的核心，因此首先要有一根高效的、对被分析对象有效的色谱柱。
主要从色谱柱的材料、固定相、半径、膜厚等方面进行选择。
气相用色谱柱首先需要确定要使用的是填充柱还是毛细管柱。
如果是做法规分析，则必须按有关法规的要求选择色谱柱。如一些产品的质量检验，尽管用毛细管柱可以得到更好的分析结果（分离效率高、分析速度快），但若国家标准或行业标准规定用填充柱，那你就应该用填充柱，否则你的分析结果不被法规所认可。对于新的或更新的方法，如果没有非常具有说服力的理由使用填充柱的话，推荐使用毛细管柱。
2、载气流速的选择
气相色谱最常用的载气是：氢气、氮气、氩气、氦气。
由速率理论可知，载气流速慢有利于传质，有利于组分的分离，但分析时间会加长；如果载气流速快有利于加快分析速度，减少分子扩散，但分离度降低。有时为了缩短分析时间，加大流量，但此时分离效果并不好。可见载气流速的快慢都会降低柱效。经过长时间的实验，发现对于一般色谱仪而言，载气流量为20-100ml/min。目前我们分析液化气用的是热导检测器，载气用的是氢气，其流量控制是30ml/min。分析戊烷发泡剂用的是氢火焰离子化检测器，载气用的是氮气、燃烧气氢气和氧气，这三种气体的体积比是氮气：氢气：氧气为1：1：10，分析效果都是较好的。
3、进样技术的选择
在气相色谱分析中，一般采用注射器或六通阀门进样。在考虑进样技术的时候，以注射器进样为主来研究。
1）进样量
如果在进样过程中进样量大会导致：分离度小；保留值变化难于定性；峰高和峰面积与进样量不成线性关系，不能定量。进样量与气化温度、柱容量和仪器的线性响应范围等因素有关。进样量应控制在瞬间气化，达到规定分离要求和线性响应的允许范围内。填充柱冲洗法的瞬间进样量:液体样品或固体样品溶液一般为0、01～10μl,气体样品一般为0、11～10ml,在定量分析中,应注意进样量读数准确。
2）注射器里空气的排除用微量注射器抽取液体样品,只要重复地把液体抽入注射器又迅速把其排回样品瓶,就可以将空气排除。还有一种更好的方法,那就是用计划注射量的约2倍的样品置换注射器3～5次,每次取到样品后,垂直拿起注射器,针尖朝上，留在注射器里的空气都应当跑到针管顶部，推进注射器塞子,空气就会全部被排掉。
3）保证进样量的准确用经置换过的注射器取约计划进样量2倍左右的样品,垂直拿起注射器,针尖朝上,让针穿过一层纱布,这样可用纱布吸收从针尖排出的液体。推进注射器塞子,直到读出所需要的数值。用纱布擦干针尖。至此准确的液体体积已经测得,需要再抽若于空气到注射器里。如果不慎推动柱塞,空气可以保护液体使之不被排走。
4）进样手法双手拿注射器。用一只手(通常是左手)扶针插入垫片,注射大体积样品(即气体样品)或柱前压力极高时,要防止从气相色谱仪注样器来的压力把注射器活塞弹出(即用右手的大拇指按压住活塞顶部)。让针尖穿过垫片尽可能深的进入进样口,压下注射器活塞停留1秒钟,然后尽可能快而稳地抽出针尖（抽出的同时继续压住注射器活塞)。
5）进样时间进样时间长短对柱效率影响很大。若进样时间过长,遇使色谱区域加宽而降低柱效率。因此,对于冲洗法色谱而言,进样时间越短越好,一般必须小于1秒钟。
4、柱温的选择
柱温的选择十分关键，它将直接影响分离效能和分析速度。提高柱温，有利于降低组分在气液相中的传质阻力，有利于提高柱效，同时纵向分子扩散项系数增大，提高分析速度，但柱选择性变差，分离度降低。
柱温适宜有利于组分的分离，但温度过低，被测组分可能在柱中冷凝，或者传阻力增加，使色谱峰扩张，甚至于拖尾，温度高有利于传质，但柱温高，分配系数变小，不利于分离。对于沸程不太宽的简单样品，可采用恒温模式。在分析气体时，如选用的是气液分配色谱，可在50℃或常温下分析，如选用的是气固色谱，柱温要相应提高。
对于沸程相对较宽的复杂样品，如在一恒定的温度下分离，随着保留时间的增加，峰宽迅速增加，导致保留较弱的组分重叠，而保留较强的组分又因为分析时间长，张起峰展宽，峰高下降。由于在气相色谱中，改变温度对组分的分离改变最为明显。可通过程序升温来解决，即保留的组分在较低的温度下洗脱，而强保留的组分在较高的温度下洗脱，这样可使复杂的混合物在适当的时间内实现最佳分离在程序升温中，初温、升温速率、终温最为关键。初温的选择以洗脱组分的分离度而定，毛细管的初温比填充柱要低，一般略低于最低沸点组分的温度。对于汽油馏分，可选择初温在35-40℃；对柴油馏分，可选择初温100-120℃。升温速率的选择应综合考虑分离度和分析速度。终温的选择主要取决于色谱柱类型、样品的热稳定性及样品中组分的最高沸点。如采用恒温时炉温至少应比柱最高使用温度低70-80℃；如采用程序升温，炉温可比柱最高温度低20-30℃即可。
5、气化室温度的选择
气化室温度取决于样品的化学和热稳定性、沸程范围、进样口类型等。合适的气化室温度即能保持样品瞬间完全气化，又不引起样品分解。温度过低，气化速度比较慢，使峰形不规则，出现平头峰或伸舌峰；温度过高使出峰数目变化，产生前延峰，甚至样品分解。为选择合适的气化室温度，在多次的进样中我们发现，气化室温度比柱温高50-100℃或比样品组分中最高沸点高50-70℃较为合适。温度过高过低都会影响柱效。
6、检测器温度的选择
检测器温度的设定，与样品的沸程、检测器类型有关（比如我们做气用的是执导检测器，使用温度是100℃，做油用氢焰检测器，使用温度是240℃）。一般来讲，检测器的温度高于最高组分沸点50~100℃。
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