用于亲和色谱的理想载体应具有下列特性:
1、不溶性:不溶于水;
2、渗透性:疏松网状结构,容许大分子自由通过;
3、有一定硬度,最好为均一的珠状;
4、具有大量可供反应的化学基团,能与大量配基共价连接;
5、非特异性吸附能力极低;
6、能抗微生物和酶的侵蚀;
7、有较好的化学稳定性;
8、亲水性。选择配基根据对纯化大分子的特异性的全面认识
选择也的配基有两条标准:
第一、蛋白质和配基之间必须有强的亲和力,解离常数在5mM以上不是好配基;相反亲和力太高也是有害的,因为在解离蛋白质──配基复合物时所需的条件就要强烈,这样可能使蛋白质变性。例如用抗生物素蛋白作配基纯化含生物素的羧化酶时,生物素──抗生物素蛋白复合物的解离常数达10-15M,解离时需要pH1、5,6M盐酸胍,在这种条件中。羧化酶大多数已经变性。
第二、配基必须具有适当的化学基团,这种基团不参与配基与蛋白质之间特异结合,但可用于活化和载体相连接,同时又不影响配基与蛋白质之间的亲和力。