生物安全柜是生物实验的主要洁净设备，能够很好很有效的防止有毒、有害空气悬浮粒子对实验操作者的伤害，从而保障实验过程中操作者和环境的安全。
由于以下几个原因，建议不要在生物安全柜内使用这种明火：
（1）II类生物安全柜通过将层流（以恒定速度-无湍流的单向流动的空气量）向下传送到机柜的工作区域，通过明火加热空气来维护产品保护导致空气逆着层流下降而上升，产生湍流;从而消除产品保护。
（2）明火也具有熔化将HEPA过滤介质固定在其框架上的粘合剂的能力。
这破坏了HEPA过滤器的有效性，从而导致正压通风口中的容器损失。
（3）最后，如果火焰熄灭，阀门不关闭，可燃气体会以稳定的速度流入柜体。
对于A2中生物安全柜中70％的空气被再循环的情况，可燃气体的浓度可能会爆炸，并且不仅对生物安全柜造成严重威胁，而且对使用者和实验室造成严重威胁。
疾病控制和预防中心（CDC）和国家卫生研究院（NIH）在该出版物中也提到了这一点：
在生物安全柜工作时，可以采取多种措施来减少材料交叉污染的可能性。
打开的管子或瓶子不应垂直放置。研究人员使用陪替氏培养皿和组织培养板时应将盖子放在开放的无菌表面上方，以尽量减少向下空气的直接冲击。瓶或管帽不应放在毛巾上。
应尽快重新填写或覆盖项目。生物安全柜内无微生物的环境中不需要明火。在敞开的长凳上，燃烧培养皿的颈部将产生向上的气流，防止微生物落入管或烧瓶中。
然而，生物安全柜中的明火产生湍流，扰乱了HEPA过滤空气供给工作表面的模式。当被认为是绝对必要的时候，可以使用配备指示灯的触板微型燃烧器按需提供火焰。内部机柜空气干扰和热量累积将被最小化。
工作完成后，燃烧器必须关闭。小型电炉“炉”可用于净化细菌环和针，并优于生物安全柜内的明火。应尽可能使用一次性或可回收的无菌环。
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