嗜酸氧化亚铁硫杆菌(Acidithiobacillus ferrooxidans，以下简称A.f菌)，是生物冶金中最常用的菌种，同时也是研究最多的浸矿微生物。利用A.f标准菌株ATCC 23270全基因组3217个基因序列信息，构建A.f标准菌株全基因组基因芯片有研究报道。通过对我国各个不同矿区的硫化矿进行播瓶试验、柱浸试验和堆浸试验，筛选得到各种不同氧化活性类型的A.f菌。同时对样品菌株和模式菌株进行基因组DNA和RNA的提取与纯化并进行荧光标记；取标记量相等的样品荧光标记产物和模式菌荧光标记产物混合后，与所构建的A.f标准菌株全基因组基因芯片杂交12-18h；杂交后的芯片应用激光共聚扫描仪，在分辨率1Oμm下进行扫描。通过上述实验分析，在3217个基因中发现有967个基因为不同的菌株所特有，其余的2250个基因为所有A.f菌共有；另发现320个高氧化活性菌特征基因，据此建立了“嗜酸氧化亚铁硫杆菌及其活性的基因芯片检测方法”国家标准(GB/T 20929-2007)，并从广西大厂、云南东川、思茅、广东大宝山、梅州、湖北大冶、江西德兴、甘肃白银、湖南浏阳七宝山等20多个典型矿区的酸性矿坑水、积液池或浸矿堆采样120份，诵讨上述分析从样品中检测出5株高活性A.f菌株，经过对培养性状、形态、生理生化特征和16S rDNA序列等分析，鉴定该菌株为嗜酸氧化亚铁硫杆菌。进一步的现场浸矿试验发现，该菌浸矿75天后，其浸出率达到65.25%，标准菌ATCC 23270为37.54%，另一株低活性菌仅为24.86%。
2 菌群快速检测的浸矿微生物群落基因组芯片
将分离培养所获得的纯菌基因组DNA直接点样于芯片片基上，制备出了浸矿微生物群落基因组芯片。该群落基因组芯片含有5个属、15个种、50多个菌株。研究结果表明，在55℃、50%甲酰胺的杂交条件下，该芯片具有种间特异性，其灵敏度达到0.lng基因组DNA,并具有较好的定量性能该芯片可以同时检测浸矿环境中多种微生物，利用这些信息为浸矿菌种的选育提供了基因指导。
3 菌群结构与功能快速分析的浸矿微生物功能基因芯片
所谓功能基因芯片，是以与生理活动相关的功能基因作探针所构建的基因芯片。目前构建的针对浸矿微生物群落结构与功能分析的功能基因芯片，探针除含有功能基因外，还含有能反映微生物系统发育和分类地位的浸矿微生物165 rRNA基因。其中，从38种微生物和518个克隆中获得825个与浸矿过程相关的功能基因序列629条，并设计出603个探针，从与浸矿体系相关的微生物及克隆子中获得16S rRNA基因序列2003条，并设计出探针600条。该芯片能够结合浸矿微生物16S rRNA和功能基因，能够同时分析环境中有哪些微生物存在及这些微生物可能发挥的作用，从而利用这些信息有目的地筛选特定功能的浸矿微生物。
4 菌群代谢分析的浸矿微生物宏基因组芯片
X.Guo等人利用德兴铜矿浸矿体系中提取得到的环境总DNA构建了一个宏基因组文库，该宏基因组文库中共包含7776个含有30～50kb大插入片段的克隆子。同时，为了从文库中快速筛选含有目的基因的克隆子，利用该文库构建了一种宏基因组芯片。另一方面，研究者也通过芯片杂交从宏基因组文库中筛选得到了一个新颖的固氮基因簇。通过进一步分析表明，该基因簇完全不同于已知的任何一种固氮微生物中的基因簇，该基因簇很可能来自一种未知的极端酸性微生物中。在这些研究的过程中，对浸矿体系中的微生物群落遗传和代谢过程有了更加深人的认识，为开展进一步的研究提供了很好的基础。这项研究表明，宏基因组芯片作为一种高通量的基因组的工具来研究微生物群落的代谢多样性具有潜在的应用价值，这对筛选高效菌株具有重要意义。
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