碳酸锰矿石选矿方法大多采用强磁选、重介质选矿和浮选等方法。沉积型含硫酸锰矿石一般采用炭质页岩、黄铁矿和锰矿物的顺序优先浮选流程。热液型含铅锌碳锰矿石一般采用浮选-强磁选流程。某些含硫富锰矿石,锰矿物主要是硫锰矿,一般采用焙烧方法除硫。有的富碳酸锰矿石生产上也采用焙烧方法除去挥发成分得到成品矿石。 碳酸锰矿石中含有一些难选矿石,锰与铁、磷或脉石紧密共生,嵌布粒度极细,难以分选,可以考虑用冶炼方法处理。例如处理高磷高铁锰矿石的富锰渣法,生产活性二氧化锰的硝酸浸出法和生产金属锰的电解法等均已用于工业生产。