电子显微镜的分类有以下几种：
1、 透射电镜 (TEM)
样品必须制成电子能穿透的，厚度为100～2000 ?的薄膜。成像方式与光学生物显微镜相似，只是以电子透镜代替玻璃透镜。放大后的电子像在荧光屏上显示出来。图1 透射电子显微镜的光路示意图是其光路示意图。TEM的分辨本领能达 3 ?左右。在特殊情况下能更高些。
(1)超高压电镜 (HVEM) 是一种TEM，不过常用的 TEM加速电压为 100 kV。只能穿透几千埃厚的样品。电子的穿透能力随 b2 = v2/c2 ( 电子速度与光速之比 )而增。由于相对论性效应，b2在 500 kV以上增加得就很慢了。目前有200 kV、300 kV和1000 kV的商品电镜。法国和日本有3000 kV的特制电镜。HVEM除加速筒以外与一般 TEM相似，只是尺寸放大了。1000 kV的电镜有两层楼高。放大尺寸后，样品周围空间增大，便于安置各种处理样品的附件，如拉伸、加热、冷却、化学反应等副件，并能把它们与倾斜样品台结合起来；还可以做动态观察，用电视记录样品处理过程中的变化。高能量的电子能造成样品中的辐射损伤，这对研究材料辐射损伤的微观机理带来极大的方便。
(2)高分辨电镜(HREM) 提高加速电压，使电子波长更短，能提高分辨本领。由于技术上的难度高，所以至70年代初超高压电镜主要针对提高穿透率。70年代末至80年代初技术上的提高带来了200 kV、300 kV的高分辨商品电镜及个别500 kV、600 kV和1000 kV的HREM。分辨本领能达2 ?左右。不久将能达到1.5 ? 。由于生物学分子极易被辐照损伤，所以目前HREM主要用于观察无机材料中的原子排列。
2、扫描电镜 (SEM)
主要用于直接观察固体表面的形貌,其原理如图2扫描电子显微镜的原理图所示。先利用电子透镜将一个电子束斑缩小到几十埃，用偏转系统使电子束在样品面上作光栅扫描。电子束在它所到之处激发出次级电子，经探测器收集后成为信号，调制一个同步扫描的显像管的亮度，显示出图像。样品表面上的凹凸不平使某些局部朝向次级电子探测器，另一些背向探测器。朝向探测器的部分发出的次级电子被集收得多，就显得亮，反之就显得暗，由此产生阴阳面、富有立体感的图像。像的放大倍数为显像管的扫描幅度比上样品面上电子束的扫描幅度。SEM的分辨本领比电子束斑直径略大。目前SEM的分辨本领能达60 ? 。
3、扫描透射电镜(STEM)
成像方式与扫描电镜相似，不过接收的不是次级电子而是透射电子(包括部分小角散射电子)。样品也必须是薄膜，STEM的分辨本领与电子束斑直径相当。专门的STEM用高亮度场致发射电子枪(要求10-10托的超高真空)。分辨本领能达3 ? 。利用这种STEM已观察到轻元素支持膜上的单个重原子。对实际工作尤为重要的是可以利用它的微小电子束斑作极微区(几十埃)的晶体结构分析(用电子衍射)和成分分析(用电子束激发的标识X 射线或者用电子能量损失谱)。目前商品TEM可以带有STEM附件,不过因为没有高亮度场致发射枪，所以只能将束斑缩到几十埃。能做约100 ?范围内的结构和成分分析。能在观察显微像的同时在其任意一个微小的局部做上述分析的电镜叫“分析电镜”。
透射电镜保养：
透射电镜的日常维护注意事项
1.常开机，多使用，这样就能随时掌握仪器工作情况，随时注意观察图、光、声、真空、气压、电源的变化情况，及时调节，作好记录，时间长了肯定会积累很多经验。
2.注意空气湿度、防止老鼠撒泼、电压要稳定、气体要清洁干燥、防止小样品掉入，尤其是细颗粒，粉末、防止碰撞
3.监视电子枪内的氟里昂是否降低，监视机械泵里的油是否降低到水平线以下，空气压缩机时常放放气，循环水装置内的水要定期更换，保持室内湿度在40~70%，温度在15~25度。电镜的修理来说就要有较高的技术水平，一要有兴趣，二要有悟性，主要是实际动手能力，和高超的综合知识的灵活运用，同时还要靠经验的积累，zui好是学电子学的人，又有实际能力来管理电镜。
4.旋转泵用的真空油有条件zui好一年换一次油。油脏的快慢主要和实验室洁净程度、湿度有关。电镜不用zui好也开着，每天抽抽真空，隔一两天电路通通电，学校放假，zui好每周开两天，尤其是夏天，暑假结束刚开学是出故障zui多的时候。
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